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本處組織架構圖說明：處長1人、副處長2人、主任秘書1人、政策規劃組(發展規劃科、國際事務科、法規權益科)、經營輔導組(智慧服務科、城鄉產業科、創新體驗科)、創業育成組(創業促進科、育成發展科、知能培力科)、知識資訊組(創新技術科、數位應用科、資訊小組)、財務融通組(財務支援科、馬上辦服務中心)、秘書室、人事室、主計室、政風室。

註：

1. 另有經濟部中部辦公室、中區、南區聯合服務中心。
2. 處長兼任行政院中小企業政策審議委員會及中小企業發展基金管理委員會執行秘書。